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巧借“諸葛亮”趣說科研故事,華中農大教授發表重磅研究

2個月前 來源:科學網微信公眾號 觀看:10

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文|《中國科學報》記者 李思輝 實習生 張曦月

“折戟沉沙鐵未銷,自將磨洗認前朝。東風不與周郎便,銅雀春深鎖二喬。”湖北赤壁,三國古戰場,因一場驚心動魄的大戰而聞名,也讓諸葛亮(字孔明)的智謀被人們稱道至今。出人意料的是,這里竟與一項最新的科學進展產生關聯。VeN即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

2月21日凌晨,Science(《科學》)發表了華中農業大學教授韓文元團隊的一項研究成果。該團隊首次揭示“孔明系統”細菌免疫防御機制。該機制“借用”噬菌體自身成分激活免疫反應的巧妙方式,為人們開啟了理解微生物與噬菌體間生存博弈的全新視角。VeN即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

韓文元告訴《中國科學報》,這項新發現的機理與孔明先生的智慧如出一轍。給“孔明系統”命名時,他剛好在湖北赤壁,各種巧合湊在一塊,促成了后來的故事。VeN即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

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Science論文截圖
一眼就認定它是個有意思的發現
2023年5月的一個清晨,華中農業大學博士生曾志鋒像往常一樣,一絲不茍地盯著生物信息學數據看。
屏幕上一簇特殊的基因組序列引起了他的注意——這組位于細菌“防御島”(細菌免疫系統的基因聚集區)附近的基因簇,由三個基因構成——腺苷脫氨酶、HAM1樣非典型嘌呤NTP焦磷酸酶和含SIR2樣結構域的蛋白。
“它們中誰長得最好看,我們一眼就能看出來。”曾志鋒介紹,真核生物(如人類)中,上述三個基因的同源蛋白分別承擔著核苷酸代謝、疾病控制和延緩衰老等功能,但它們在細菌中竟以“成簇”形式出現,且緊鄰防御系統。這讓他突然聯想到:“它們或許能組成一套全新的抗噬菌體武器。”
長期的研究,讓團隊成員練就了敏銳的科研“慧眼”。曾志鋒當時就預感到,只要把這個“特殊的基因簇”的機制解析清楚,一定會是一個有意思的發現。
帶著這種興奮,曾志鋒敲開了導師韓文元的辦公室。彼時,團隊剛完成一項細菌免疫領域的重大突破,正要尋找新方向。曾志鋒向韓文元闡述了這個新穎且前人還沒有涉足的研究方向,后者給出肯定答復:“覺得有趣就去做,興趣是最好的老師。”
就這樣,這個科研項目啟動了。

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韓文元(右一)帶領團隊開展實驗。張金光/攝VeN即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

科研不是一件“苦大仇深”的事情
從2023年5月啟動研究,到2024年9月向Science送審,僅用了一年多時間,秘訣何在?
韓文元認為關鍵是興趣和熱愛。他告訴《中國科學報》:“科研不是一件‘苦大仇深’的事情,而是一件充滿探索未知樂趣的事情。興趣和熱愛是最大的動力。”
在團隊成員的眼中,韓文元堪稱科研“勞模”。一年365天,幾乎每天都能見到他。他甚至在大年初一下午就回到實驗室繼續工作,只因為“放心不下”。
導師對科研的熱愛,感染了團隊成員。當團隊將基因簇合成后,嚴謹的實驗驗證工作也開始了。他們選用近百種噬菌體測試該系統的生理功能。在實驗過程中,一些重要實驗儀器需要預約。為了使用儀器,團隊成員有時需要等到凌晨兩點,接到通知后便立刻趕去測試樣品。
2023年10月的一個下午,團隊迎來“ 關鍵時刻”——經過數百次嘗試,他們發現非典型核苷酸dITP竟是激活KomB-KomC蛋白復合物的“鑰匙”。“那一刻,感覺東風來了,所有線索瞬間貫通。”他們說。
這項突破讓團隊備受鼓舞。隨后,大家 齊心協力,經過大量的體內實驗及體外生化實驗,最終驗證了該系統在大腸桿菌體內確實能夠產生激活KomBC的“第二信使”dITP。
看到這樣的重要進展,韓文元有些慶幸自己當年的選擇。他在丹麥哥本哈根大學做博士后時,就被同組的、來自華中農業大學的一些學生所打動,“他們尤其專注、執著和勤奮”。韓文元當時就期望回國后能帶著這樣的學生,一起攻克科學難題。因此,當有機會到華中農業大學任教時,他一點都沒有猶豫。
古人智慧賦予科研“有趣的靈魂”
“這個系統像是孔明先生用的‘草船借箭’的計謀。”談及命名,曾志鋒頗為滿意。
故事要從一個“巧合”說起。論文發表前夕,Science審稿人提議為這一新發現起一個“有特色的名字”。彼時,韓文元正從長沙返回武漢途中,途經赤壁古戰場。
窗外,江風拂面,三國烽煙仿佛昨日——諸葛亮以草船智取曹軍十萬箭矢,以敵之資,破敵之謀。這與他和團隊發現的免疫機制不謀而合:當噬菌體(病毒)入侵時,其攜帶的脫氧核苷酸激酶(DNK)竟被細菌“征用”,協同KomA將普通核苷酸dAMP轉化為信號分子dITP。
后者激活KomB-KomC復合體,降解細胞內煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+),通過“能源枯竭”戰術殺死被感染細胞,阻斷噬菌體傳播。
“噬菌體帶著‘箭’(DNK)來攻城,細菌卻借箭阻止其傳播,這不是‘草船借箭’是什么?”曾志鋒說。
受到這一特征的啟發,研究團隊以“草船借箭”故事中足智多謀的軍事家孔明來為其命名,寓意著該系統像諸葛亮一樣,巧妙利用噬菌體的成分完成免疫信號通路。
更絕的是,噬菌體也非“坐以待斃”——以T5噬菌體為例,它可以“料敵機先”躲過攻擊,其分泌的Dmp酶可精準降解dAMP,切斷dITP合成路徑,上演“反截糧草”的戲碼。隨后“孔明系統”還會通過模塊化重組實現快速進化。在細菌免疫的微觀戰場上,一場場攻防轉換的“兵家之戰”不斷上演。
“孔明系統”的發現,不僅填補了細菌免疫理論的空白,更蘊含很大的應用潛力。專家介紹,目前人體核苷酸異常檢測依賴昂貴的大型儀器,而“孔明系統”對dITP的特異性識別,有望開發出便攜式檢測工具,助力遺傳代謝病(如ADA缺乏癥)診斷及抗癌藥物療效監測。
“微生物世界的‘兵法’或許能改寫人類醫療史。當科學理性遇上文化靈感,當千年智謀照進分子戰場,‘孔明系統’便成了那場決定科研成敗的‘東風’。”韓文元表示。

論文鏈接: https://doi.org/10.1126/science.ads6055VeN即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

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